Nukleinsyremærkning og detektion

Nukleinsyremærkning og detektionsprodukter bruges til at tilføje tags eller mærker til nukleinsyrer for at muliggøre detektion eller oprensning. De mærkede nukleinsyrer omtales som 'prober.'

Nukleotidmærkning kan omfatte radioaktive fosfater, biotin, fluoroforer og forskellige enzymer. Biokonjugationsmetoder, der producerer nukleinsyreprober, kan også tilpasses til at binde dem til andre molekyler (til målrettet levering) og overflader (for at lette immobilisering).

Selvom nukleinsyreprober kan mærkes under syntese, kan brugerdefinerede oligonukleotidprober være dyre, så mange forskere vælger at mærke deres egne.

Hurtig og effektiv benchtop-oligonukleotidmærkning kan udføres til fremstilling af mindre probemængder, eller når der er behov for flere prober med det samme mærke. Enzymatiske metoder er overkommelige til probegenerering i lille skala; kemiske metoder er mere velegnede til reaktioner i større skala.

Prober kan mærkes i hver ende af oligonukleotidet eller tilfældigt inkorporeret gennem sekvensen. Valget af metode afhænger af graden af mærkning, der kræves, og om ændringer vil forhindre de forventede interaktioner. Nukleinsyrehybridiseringsreaktioner kan drage fordel af tilfældig mærkeinkorporering; proteininteraktioner kan kræve slutmærkning.

Opsummering af metoder

Enzymatisk

• TdT: ssDNA
• T4 RNA Ligase: ssDNA, RNA
• T4 PNK: ssDNA, RNA
• DNA-polymerase: DNA, RNA
• RNA-polymerase: RNA

Kemi

• Periodat: RNA
• EDC: DNA, RNA
• Uspecifikke tværbindere: DNA, RNA

Detektionsmetoder er biotinbaserede, kemiluminescerende, fluorescerende, radioaktive eller kombinationen af flere teknikker. Test kan omfatte nukleinsyretest til patogendetektion og fluorescerende in situ hybridisering (FISH) for specifikke DNA-sekvenser i kromosomer.