Applied Biosystems™ TaqMan™ Kopinummerreferenceanalyse, mus, Tert

Mus TaqMan® Kopinummerreferenceanalyser køres med prædesignede, Custom Plus og Custom TaqMan® Copy Number Assays i en duplex, real-time PCR-reaktion for at detektere og måle variationer i kopiantal i musegenomet. Mus TaqMan® Kopinummerreferenceassays er også kompatible med den fælles vektormarkør og det foruddesignede reportergen TaqMan® Kopinummeranalyser. Der tilbydes to muligheder for gener, der kan bruges som endogene referencegener i mus: Tfrc og Tert. TaqMan® Kopinummerreferenceassays er designet til unikke genomiske sekvenser i musereferencegenomsamlingen (NCBI Build 37/mm9) og er nødvendige for relativ kvantificering af kopiantalmål.

TaqMan® Kopinummerassays kvantificerer genet af interesse og normaliserer til et endogent referencegen, der vides at være til stede i to kopier i et diploid genom. Bemærk venligst at TaqMan® Kopinummerreferenceanalyser er artsspecifikke.

Tert: Den alternative referencegenmulighed
TaqMan® Kopinummerreferenceanalyser har en VIC® farvestof-mærket TAMRA™ probe og referencesekvensspecifikke frem- og omvendte primere. Assayene er ikke primer-begrænsede.

TaqMan® Kopinummerreferenceanalyse, mus, Tfrc anbefales som standardreferenceassay til kopiantalanalyse i mus. Denne analyse detekterer transferrinreceptorgenet (Tfrc) på kromosom 16, cytobånd 16qB3. Analyseplaceringen er chr.16:32626732 på NCBI build 37. Det har et 91 bp amplikon, der kortlægger inden for exon 17 af Tfrc-genet.

TaqMan® Kopinummerreferenceanalyse, mus, tert er en alternativ referenceanalyse; det anbefales i tilfælde af, at Tfrc-analysen fungerer dårligt med en prøve på grund af kromosomafvigelser eller andre problemer. Assayet retter sig mod telomerase revers transkriptase (Tert) genet på kromosom 13, cytobånd 13qC1. Analyseplaceringen er chr.13:73778992 på NCBI build 37. Det har et 96 bp amplikon, der kortlægges inden for intron 8 af Tert-genet.

Den enkleste tilgængelige arbejdsgang
TaqMan® Copy Number Assays har den enkleste arbejdsgang af alle aktuelt tilgængelige CNV-analysemetoder. Testanalysen (FAM™ farvestofmærket), referenceanalysen (VIC® farvestof mærket), din prøve-DNA og TaqMan® Master Mix kombineres og køres derefter på en Applied Biosystems® Real-Time PCR System, der bruger standarden TaqMan® Copy Number Assay-protokol. I gennemsnit tager opsætning til primær analyse kun 3-4 timer (inklusive en cirka 2 timers PCR-kørsel).

Kraftig dataanalysesoftware CopyCaller-
softwaren® blev udviklet specielt til TaqMan® Copy Number Assay dataanalyse. Denne gratis, brugervenlige software bruger en grafisk grænseflade, der hurtigt beregner de mulige kopital for et sæt prøver i en kørsel. Det giver også en konfidensværdi for hvert kopinummeropkald og har afvigende funktionalitet.

Må kun benyttes til forskningsformål. Ikke til behandling eller diagnostik af mennesker eller dyr.