Applied Biosystems™ TaqMan™ Kopinummerreferenceanalyse, human, TERT

Human TaqMan™ Kopinummerreferenceanalyser køres med mennesker TaqMan™ Copy Number Assays i en duplex real-time PCR-reaktion for at detektere og måle kopiantal variationer (CNV'er) og mindre områder i det menneskelige genom. Der tilbydes to muligheder for gener, der kan bruges som endogene referencegener hos mennesker: RNase P og TERT. TaqMan™ Kopinummerreferenceassays er designet til unikke genomiske sekvenser i referencegenomsamlingen (Build 37/hg19) og er nødvendige for relativ kvantificering af kopiantalmål.

TaqMan™ Kopinummerassays kvantificerer genet af interesse og normaliserer til et endogent referencegen, der vides at være til stede i to kopier i et diploid genom. Bemærk venligst at TaqMan™ Kopinummerreferenceanalyser er artsspecifikke.

TERT: Alternative Reference Gen Option
TaqMan™ Kopinummerreferenceanalyser har en VIC™ farvestof –mærket TAMRA™ probe- og referencesekvensspecifikke –frem- og omvendte primere. Analyserne er ikke primer-begrænsede.

TaqMan™ Kopinummerreferenceanalyse RNase P anbefales som standardreferenceanalyse til kopiantalanalyse. Dette assay detekterer Ribonuclease P RNA-komponent H1 (H1RNA) genet (RPPH1) på kromosom 14, cytobånd 14q11.2. Analyseplaceringen er chr.14:20811565 på NCBI build 37. Det har et 87 bp amplikon, der kortlægges inden for det enkelte exon RPPH1-gen.

TaqMan™ Kopinummerreferenceanalyse TERT er en alternativ referenceanalyse; det anbefales i tilfælde af, at RNase P-analysen fungerer dårligt med en prøve på grund af kromosomafvigelser eller andre problemer. Denne analyse retter sig mod telomerase revers transkriptase (TERT) genet placeret på kromosom 5, cytobånd 5p15.33. Assayplaceringen er chr.5:1253373 på NCBI build 37. Det har et 88 bp amplikon, der kortlægger inden for exon 16 af TERT-genet.

Enkleste arbejdsgang til analyse af kopinummer
TaqMan™ Kopinummeranalyser har den enkleste arbejdsgang af alle aktuelt tilgængelige kopinummeranalysemetoder. Testanalysen (FAM™ farvestof mærket), –referenceanalysen (VIC™ farvestof mærket), din –prøve-DNA og TaqMan™ Master Mix kombineres og køres derefter på en Applied Biosystems™ real-time PCR-system ved hjælp af standarden TaqMan™ Copy Number Assay-protokol. I gennemsnit tager opsætning til primær analyse kun –3 4 timer (inklusive en cirka 2 timers PCR-kørsel).

Kraftig software til dataanalyse
CopyCaller™ Software er udviklet specielt til TaqMan™ Copy Number Assay dataanalyse. Denne gratis, brugervenlige software bruger en grafisk grænseflade, der hurtigt beregner de mulige kopital for et sæt prøver i en kørsel. Det giver også en konfidensværdi for hvert kopinummeropkald og har afvigende funktionalitet.

Må kun benyttes til forskningsformål. Ikke til behandling eller diagnostik af mennesker eller dyr.