Thermo Scientific™ AarI (2 U/μ L)

5'...CACCTGC (N) ₄ ▵...3'

3'...GTGGACG (N) ₈ ▵...5'

Betingelser for 100 % aktivitet:

• [1X Buffer AarI] + oligonukleotid:
• [10 mM Bis-Tris Propan-HCl (pH 6,5 ved °37 C), ₁₀ mM MgCl2, 100 mM KCl, 0,1 mg/ml BSA] + 0,5 μM oligonukleotid (se note)
• Inkuber ved 37 °C

Opbevaringsbuffer:

• AarI leveres i:
• 10 mM kaliumphosphat (pH 7,4 ved 25 °C), 100 mM KCl, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0,2 mg/ml BSA og 50 % (v/v) glycerol

Ligering og genudspaltning:

• Efter 10 gange overfordøjelse med AarI, kan mere end 95% af DNA-fragmenterne ligeres og genkkæres

Methyleringseffekter:

• Dam: overlapper aldrig— ingen effekt
• Dcm: overlapper aldrig— ingen effekt
• CpG: kan overlappe hinanden— spaltningsforringet
• EcoKI: overlapper aldrig— ingen effekt
• EcoBI: kan overlappe hinanden— effekt ikke bestemt

Fordøjelse af agarose-indlejret DNA:

• Der kræves minimum 5 enheder af enzymet til fordøjelse af μ1 g agarose-indlejret lambda-DNA på 16 timer

Bemærk:

Til spaltning med AarI kræves mindst to kopier af dets genkendelsessekvens. Inkludering af μ0,5 M oligonukleotid med AarI-genkendelsessekvensen i reaktionsblandingen forbedrer signifikant spaltning af DNA'er, især af dem med et enkelt AarI-sted. Alligevel er en fuldstændig spaltning af nogle substrater med AarI vanskelig at opnå. Mere end 10 gange overfordøjelse med AarI kan resultere i stjerneaktivitet. AarI kan forblive forbundet med det spaltede DNA. Dette kan forårsage DNA-båndskifte under elektroforese. For at undgå atypiske DNA-båndmønstre skal du bruge 6X DNA Loading Dye& SDS-opløsning til prøveforberedelse eller opvarm det fordøjede DNA i nærvær af SDS før elektroforese.