Ambion™ ERCC ExFold RNA Spike-In-blandinger

ERCC ExFold RNA Spike-In-blandinger giver et sæt eksterne RNA-kontroller, der muliggør vurdering af ydeevne af en række teknologiplatforme, der bruges til genekspressionseksperimenter. Tilføj en Spike-In Mix til hver RNA-prøve, og kør de Spike-In Mix-holdige prøver på din platform. Sammenlign derefter Spike-In Mix-dataene med kendte Spike-In Mix-koncentrationer og -forhold for at vurdere din platforms dynamiske område, nedre grænse for detektion og fold-change-respons. En række genekspressionsteknologier kan drage fordel af brugen af ERCC ExFold RNA Spike-In Mixes, herunder næste generations sekventering (NGS ), mikroarrays og PCR-baserede assays. Mikroarrays skal indeholde prober designet til at udspørge ERCC-transkripterne for at drage fordel af brugen af ERCC ExFold RNA Spike-In-blandinger. Kontakt array-producenten for detaljer. Primære produktfunktioner:

Opnå et standardmål for datasammenligning på tværs af genekspressionseksperimenter

Mål følsomhed (nedre grænse for detektion) og dynamisk rækkevidde af et eksperiment

Kvantificere differentiel genekspression

Hvorfor eksterne RNA-kontroller er nødvendige
Variation i RNA-ekspressionsdata kan tilskrives en række faktorer, herunder kvaliteten af udgangsmaterialet, niveauet af cellularitet og RNA-udbytte, den anvendte platform og den person, der udfører eksperimentet. For at kontrollere disse kilder til variabilitet er der udviklet et fælles sæt eksterne RNA-kontroller af External RNA Controls Consortium (ERCC), en ad hoc-gruppe af akademiske, private og offentlige organisationer, der er vært for National Institute of Standards and Technology (NIST ). Kontrollerne består af et sæt umærkede, polyadenylerede transkripter designet til at blive tilføjet til et RNA-analyseeksperiment efter prøveisolering for at måle mod definerede præstationskriterier. Indtil udformningen af sådanne universelt accepterede kontroller har det været vanskeligt at udføre en grundig undersøgelse af fundamentale analytiske præstationsmålinger. Fra det betroede mærke af kvalitets-RNA-reagenser er ERCC ExFold Spike-In-blandinger kommercielt tilgængelige, præ-formulerede blandinger af 92 transkripter, afledt og sporbare fra NIST-certificerede DNA-plasmider. Transkripterne er designet til at være 250 til 2.000 nt lange, hvilket efterligner naturlige eukaryote mRNA'er.

Frigør potentialet ved RNA-analyse
RNA-analyse, herunder genekspressionsprofilering og hele transkriptomundersøgelser, kan føre til bedre forståelse af ekspressionsmønstre i sygdomstilstande og giver større indsigt i biologiske veje og molekylære mekanismer, der regulerer celleskæbne, udvikling og sygdomsprogression. Traditionelle metoder til RNA-analyse, såsom qRT-PCR og mikroarrays, er veletablerede, men erstattes af næste generations sekventering, et digitalt alternativ med høj kapacitet. Fordi hver metode bærer flere platforme, og med behovet for at sammenligne forskellige prøver på tværs af platforme i hele verden, er et standardmål for datasammenligning nødvendig. Efterhånden som mulighederne for RNA-analyse udvides, vil nødvendigheden af at skabe et standardiseret syn på data blive endnu vigtigere.

Opnå og sammenlign resultater med bekræftet nøjagtighed ERCC
ExFold RNA Spike-In-blandinger bruges til at skabe en standard baseline-måling af RNA både inden for et eksperiment og på tværs af flere eksperimenter udført ved hjælp af forskellige prøver og platforme. Med to spike-in blandingsformuleringer (se figur), kan forskellige målinger, såsom følsomhed eller dynamisk område, undersøges for at vurdere forskellige parametre i et eksperiment eller på tværs af eksperimenter (se figur). Ydermere kan ekspressionsfold-ændringsforhold mellem to prøver beregnes med en høj grad af konfidens ved hjælp af det meget overensstemmende forhold mellem ExFold RNA Spike-In 1 og ExFold RNA Spike-In 2 (se figur). Målinger bestemmes via kendte molære koncentrationer for hvert transkript inden for en spike-in-blanding og gennem association af de to blandinger under anvendelse af en kombination af forhold på tværs af 4 forskellige undergrupper af de 92 transkripter. Kontrollerne er ideelle til næste generations sekventeringseksperimenter, såsom on SOLiD™ System og understøttede microarray-platforme såsom Illumina™ Sentrix™ BeadChip.

Vælg mellem fleksible muligheder for ERCC-kitkonfigurationer Uanset om
du måler dynamisk rækkevidde eller genekspressions-fold-ændring, er ERCC Spike-In Control Mixes tilgængelige i to sæt-konfigurationer for at imødekomme dine eksperimentelle behov. Brug ERCC Spike-In Mix til at bestemme det dynamiske område og den nedre grænse for detektion på din platform, og brug ERCC ExFold Spike-In Mixes til at vurdere nøjagtigheden af differentielle genekspressionsmålinger.

	ERCC RNA Spike-In Mix 1*	ExFold Spike-In Mix 1*	ExFold Spike-In Mix 2*	Nukleasefrit vand
ERCC RNA Spike-In Mix (Kat. nr. 4456740)	10 μL	—	—	1,75 ml
ERCC ExFold RNA Spike-In-blandinger (kat. nr. 4456739)	—	10 μL	10 μL	1,75 ml

*Selvom ERCC RNA Spike-In Mix 1 og ExFold Spike-In Mix 1 indeholder den samme formulering af ERCC-transkripter, skal ERCC RNA Spike-In Mix 1 ikke erstattes med ExFold Spike-In Mix 1 til fold-change-vurdering. Brug kun ExFold Spike-In Mix 1 og Mix 2 med samme produktionslotnummer.