Invitrogen™ Dimeric cyanin nukleinsyrepletter

Disse otte spektralt distinkte dimere cyanin-nukleinsyrefarvninger er blandt de højest følsomme fluorescerende prober, der er tilgængelige til nukleinsyrefarvning. Carbocyanindimererne har meget stærk bindingsaffinitet for dsDNA, med dissociationskonstanter i det mikromolære område og nukleinsyrebindende affiniteter større end deres modermonomerfarvestoffer. Ud over deres høje affinitet for nukleinsyrer er cyanindimerer i det væsentlige ikke-fluorescerende i fravær af nukleinsyrer og udviser 100- til 1000-fold fluorescensforstærkninger ved binding til DNA. Ekstinktionskoefficienterne og fluorescenskvanteudbyttet af cyanindimererne bundet til DNA er høje, hvilket resulterer i meget lyse fluorescenssignaler.

Egenskaber ved de dimere cyanin-nukleinsyrefarvninger:
• Høj affinitet —stærk bindingsaffinitet for dsDNA med dissociationskonstanter i det mikromolære område
•Lav baggrund —ikke-fluorescerende i fravær af nukleinsyrer
•Stor fluorescensforstærkning —100- til 1000-fold fluorescensforbedring ved binding til DNA
•Lys fluorescens —høje ekstinktionskoefficienter og fluorescenskvanteudbytter, hvilket resulterer i meget lyse fluorescenssignaler

De dimere cyaninfarvestoffer er nyttige til mange anvendelser, herunder fluorescensmikroskopi og flowcytometri. Disse farvestoffer er uigennemtrængelige for levedygtige celler og kan bruges som døde celleindikatorer. Deres lyse fluorescenssignaler og lave baggrunde gør dem ideelle til farvning af nukleinsyrer på faste understøtninger, såsom mikroarrays. De er også nyttige som kerne- og kromosommodfarvninger til flerfarvede fluorescensmærkningseksperimenter, såsom i immunhistokemi (IHC) og immuncytokemi (ICC). Forfarvning af nukleinsyreprøver før gel- eller kapillarelektroforese er også mulig på grund af farvestof-nukleinsyrekompleksernes ekstraordinære stabilitet.

De dimere cyanin-nukleinsyrefarvninger leveres i en enhedsstørrelse på 200μ L som 1 mM opløsninger i dimethylsulfoxid (DMSO) eller dimethylformamid (DMF) til POPO-3-farven. Fluorescensspektrene for de otte dimere cyanin-nukleinsyrefarvninger dækker hele det synlige bølgelængdeområde, og hvert farvestof adskiller sig i ekstinktionskoefficient og kvanteudbytte.

POPO™ -1 jodid (434/456)
Den blå-fluorescerende POPO-1-farvning har excitations-/emissionsmaksima∼ 434/456 nm når bundet til dsDNA i vandig opløsning. Det kan exciteres af ultraviolette (UV) excitationskilder og Hg-buen (kun) 436 nm laser.

BOBO™ -1 jodid (462/481)
Den blå-fluorescerende BOBO-1-farve har excitations-/emissionsmaksima∼ 462/481 nm, når bundet til dsDNA i vandig opløsning. Det kan exciteres af ultraviolette (UV) excitationskilder og He-Cd 442 nm laser.

YOYO™ -1 jodid (491/509)
En af vores nukleinsyrefarvninger med højeste affinitet, den grøn-fluorescerende YOYO-1-farvning viser over 1000 gange stigning i fluorescens, når den er bundet til dsDNA. Den har excitations/emissionsmaksima∼ 491/509 nm, når den er bundet til nukleinsyrer og kan exciteres af ultraviolette (UV) excitationskilder og Ar 488 nm laseren. YOYO-1-farvning har vist sig ekstremt anvendelig til analyse af enkelte DNA-molekyler og bruges i superopløsningsmikroskopiapplikationer såsom STORM.

TOTO™ -1 jodid (514/533)
Den grøn-fluorescerende TOTO-1-farve har excitations-/emissionsmaksima∼ 514/533 nm, når bundet til dsDNA i vandig opløsning. Det DNA-bundne TOTO-1 farvestof har også en kortbølgelængdetop ved∼ 275 nm og kan exciteres af ultraviolette (UV) excitationskilder og Ar 514 nm laser.

POPO™ -3 jodid (534/570)
Den gul-fluorescerende POPO-3-farvning har excitations-/emissionsmaksima∼ 534/570 nm når bundet til dsDNA i vandig opløsning. Det kan exciteres af He-Ne 543 nm laser.

BOBO™ -3 jodid (570/602)
Den orange-fluorescerende BOBO-3-farve har excitations-/emissionsmaksima∼ 570/602 nm, når bundet til dsDNA i vandig opløsning. Den kan exciteres af Kr 568 nm laseren.

YOYO™ -3 jodid (612/631)
Den orange-fluorescerende YOYO-3-farve har excitations-/emissionsmaksima∼ 612/631 nm, når bundet til dsDNA i vandig opløsning. Det kan exciteres af He-Ne 594 nm laser.

TOTO™ -3 jodid (642/660)
Den langt røde fluorescerende TOTO-3-farve har excitations-/emissionsmaksima∼ 640/660 nm, når bundet til dsDNA i vandig opløsning. Det kan exciteres af He-Ne 633 nm laser. Langbølgelængdefluorescensen af TOTO-3-farven svarer til Alexa Fluor 647 eller Cy5 farvestoffer og er godt adskilt fra almindeligt anvendte fluoroforer, som f.eks Alexa Fluor farvestoffer, Oregon Green, fluorescein (FITC), rhodamin (TRITC), Texas Red, cumarin (AMCA), Marina Blue og Pacific Blue farvestoffer. Derudover har langbølgelængde –lysabsorberende farvestoffer, såsom TOTO-3-farve, den fordel, at deres fluorescens sædvanligvis ikke skjules af autofluorescensen af væv.

TOTO-3-farvning har høj selektivitet for nuklear over cytoplasmatisk farvning, hvilket gør den anvendelig som en nuklear modfarvning og døde celleindikator, og er blandt de højest følsomme prober til nukleinsyredetektion. TOTO-3 farvning giver stærk og selektiv nuklear farvning i dyrkede celler og i paraffinsnit. Samtidig mærkning med en grøn-fluorescerende SYTO farvestof og celle-impermeant TOTO-3-farvning bruges ofte til at vurdere cellelevedygtighed. TOTO-3 har en meget højere ekstinktionskoefficient end DNA-bundet propidiumiodid og er blevet brugt til unikke applikationer såsom påvisning af mikrobielle celler og mikroorganismer i jordmiljøer.

Nukleinsyrepletter Dimer Sampler Kit
For forskere, der designer nye applikationer, giver Nucleic Acid Stains Dimer Sampler Kit prøver af de otte spektralt forskellige analoger af de dimere cyaninfarvestoffer til test. Dette sæt indeholder 25μ L hver af følgende nukleinsyrefarvninger med høj affinitet baseret på symmetriske dimerer af cyaninfarvestoffer:
• BOBO-1 iodid (kat. nr. B3582)
• BOBO-3 iodid (kat. nr. B3586)
• POPO-1 iodid (kat. nr. P3580)
• POPO-3-iodid (kat.nr. P3584)
• TOTO-1 iodid (Kat. nr. T3600)
• TOTO-3 iodid (Kat. nr. T3604)
• YOYO-1 iodid (Kat. nr. Y3601)
• YOYO-3 iodid (Kat. nr. Y3603)